Algorytm to nic innego jak komputerowy program zamknięty w maszynie CPAP, który analizuje nieustannie twój sen pod kątem zaburzeń snu. Gdy je wykryje,

to potrafi automatycznie zmienić ciśnienie, tak aby terapia była zawsze optymalna. Urządzenia te sprawdzają się szczególnie dobrze w bezdechu pozycyjnym, ponieważ w nim zapotrzebowanie na ciśnienie zmienia się wielokrotnie w nocy. Po części też zwalniają nas z częstych wizyt u lekarza celem skorygowania ustawień aparatu.

​

Urządzenia automatycznie nie zawsze są bardziej komfortowe i nie muszą być wcale skuteczniejsze od manualnych (o ile te są prawidłowo ustwione). Ich główną zaletą jest to, że pozwalają obniżyć średnie ciśnienie terapeutyczne.

​

Warto pamiętać, że kupując automat zawsze jest w nim tryb manualny. 
Algorytm-algorytmowi też nie równy. W przypadku automatów zalecam raczej urządzenia markowe mając na uwadze wyniki testu algorytmów. Nie warto dopłacać do algorytmu, którego skuteczności nie jesteśmy pewni.